وفي فترة الثمانينيات عاش المجتمع المغربي تحديات جديدة لم تستثنى منها الجامعة البهائية في المغرب. فهذه الفترة، وخصوصا تلك الممتدة ما بين سنة 1983 و1984م عرفت عددا من الاعتقالات والمحاكمات، في مدن الدار البيضاء والمحمدية وتطوان. واتسمت هذه المرة بإدانة بعض العائلات والأفراد البهائيين وسجنهم لمدة تتراوح بين 10 أشهر و 3 سنوات، كما طرد البعض منهم من عملهم. وقد تلت المحاكمة حركة واسعة من الاستجوابات والتحقيقات شملت معظم البهائيين في المغرب. فعاش البهائيون في جو من العزلة والانطواء لمدة عقدين من الزمن نظرا لهذه الظروف التي كان يمر منها المجتمع المغربي قاطبة، إلا أن إيمانهم بالمبادئ السامية التي يدعو إليها حضرة بهاء الله جعلتهم حريصين على الاستمرار في خدمة وطنهم بكل إخلاص وتفان آملين من العلي القدير أن يعرف بلدهم الحبيب تطورا وازدهارا ماديا وروحانيا في قادم الأيام.

وجاء دخول المغرب إلى الألفية الثالثة من بابه الواسع، فأي متتبع للشأن المغربي سواء من الداخل أو من الخارج يقر بما لا يدع مجالا للشك بأن هذه المرحلة متميزة من حيث الحقوق والحريات وكذلك من حيث النمو الاقتصادي والتنمية البشرية. وبالنسبة لبهائيّ المغرب فهم جزء لا يتجزأ من هذا المسار وهذا التطور الإيجابي، وهم بكل تأكيد مطالبون بأن يسهموا بكل مواردهم وإمكاناتهم في دفع عجلة النمو والانفتاح قدما. فشارك البهائيون أصدقاءهم ومعارفهم كلما سنحت لهم الظروف تعاليم دينهم الداعية إلى خدمة المجتمع وبنائه.